Des modèles prédictifs entraînés sur les données de consommations alimentaires et du microbiote de plus 10 000 sujets ont permis de caractériser des liens précis et spécifiques entre certains aliments et certaines espèces microbiennes ; et de simuler les modifications alimentaires à même de refaçonner le microbiote au niveau individuel.
On le sait : notre alimentation module notre microbiote intestinal. Pour autant, les effets spécifiques des différents aliments et patterns alimentaires, susceptibles de varier selon les individus, restent encore à préciser. Des chercheurs ont utilisé les données obtenues chez plus de 10 000 adultes israéliens pour mieux caractériser ces relations ; et esquisser des stratégies alimentaires personnalisées pour améliorer le microbiote et la santé.
À partir des données alimentaires très détaillées des sujets – obtenues via des enregistrements des consommations déclarées sur application mobile pendant 16 jours – et de l’analyse métagénomique du microbiote des selles, les chercheurs ont d’abord entraîné des modèles afin d’identifier les facteurs alimentaires les plus prédictifs de la composition du microbiote.
Parmi les principaux résultats :
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Le degré de transformation des aliments apparaissait comme le facteur prédisant le plus fortement la perte de diversité du microbiote.
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Certains aliments (café, yaourt, lait, pain, fruits à coques, fruits..) prédisaient par ailleurs l’abondance d’espèces microbiennes spécifiques.
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Des régimes composés d’aliments bruts (peu ou pas transformés) riches en aliments végétaux allaient de pair avec une plus grande activité de synthèse métabolique du microbiote.
Ces différentes associations étaient en partie retrouvées dans d’autres cohortes (une australienne, une israélienne) et se révélaient relativement stables dans le temps (sur des périodes de 2 à 4 ans) – ce qui, selon les auteurs, pourrait témoigner de signatures spécifiques aliments-microbiote, et non d’artéfacts transitoires ou spécifiques d’une population donnée.
Les chercheurs ont ensuite établi des modèles reliant la composition du régime alimentaire, la composition du microbiote et un index composite reflétant la santé cardiométabolique des sujets (intégrant des marqueurs de l’adiposité, de la lipidémie et de l’inflammation). Cela leur a permis d’identifier, au niveau individuel, les modifications alimentaires permettant d’optimiser le profil cardiométabolique via le microbiote. Les adaptations alimentaires nécessaires étaient jugées modestes par les chercheurs. Les plus fréquentes ? Une diminution des quantités d’aliments raffinés comme le pain blanc, de certaines viandes (poulet ici) et une augmentation de certains fruits et fruits à coque.
Ces simulations, qui restent basées sur de la modélisation et nécessiteront une validation expérimentale dans le cadre d’essais d’intervention, ouvrent la voie à des stratégies de nutrition personnalisée ciblant le microbiote intestinal pour améliorer la santé.
Source : Segev T, Barak D, Zahavi L, Godneva A, Rein M, Krongauz D, Samocha-Bonet D, Rossman H, Weinberger A, Segal E. Diet-microbiome associations in 10,068 individuals from the Human Phenotype Project to guide personalized nutrition. Nat Med. 2026 May;32(5):1884-1894. doi: 10.1038/s41591-026-04312-x.