Le microbiote intestinal pourrait-il participer à l’explosion des maladies non transmissibles associées à la vie urbaine ? Telle est l’hypothèse de cette revue qui décrypte les modifications de notre microbiote, les mécanismes impliqués et les régimes alimentaires pouvant inverser la tendance.
Parce que l’évolution rapide des habitudes alimentaires ne suffit pas, selon les auteurs, à expliquer à elle seule, l’explosion des maladies non transmissibles (obésité, diabète, maladies cardiovasculaires…), ils émettent l’idée une discordance entre l’évolution rapide de notre microbiote intestinal (cycle de vie court des microorganismes qui le composent : bactéries, mais aussi champignons, virus…) et l’évolution lente du génome humain.
Dans cette revue, ils décrivent successivement :
– l’évolution du microbiote intestinal liée à l’urbanisation : perte de diversité, passage d’un entérotype dominé par Prevotella à un entérotype dominé par Bacteroides, abondances accrues de taxons comme Bifidobacterium, Blautia, Roseburia, Dorea, et Escherichia, diminution de taxons comme Treponema, Butyricicoccus, et Gemmiger, altération de la capacité à digérer les polysaccharides (fibres), résistance aux antibiotiques, etc.
– les 4 principaux mécanismes impliqués : (1) la modification des macronutriments dans le régime (plus de graisses, de sucres simples, de sel, moins de fibres) ; (2) l’introduction de nouveaux composés (ex : additifs) ; (3) l’ultra-transformation qui réduit la teneur en fibres alimentaires et en composés bioactifs (vitamines, polyphénols) et augmente la teneur en glucides rapidement digérés, en produits de la réaction de Maillard, etc. ; (4) la perturbation des rythmes alimentaires (horaires des repas irréguliers).
– puis les régimes et rythmes alimentaires pouvant participer à inverser cette tendance : un essai randomisé contrôlé a par exemple montré qu’un régime riche en fibres et principalement végétal, entraînait un rééquilibrage du microbiote intestinal et des améliorations cardiométaboliques significatives.
Les auteurs rappellent néanmoins que l’alimentation n’est qu’une facette de l’urbanisation de nos modes de vie. De nombreux autres facteurs (utilisation accrue d’antibiotiques, pollution, modes de vie modernes, stress, etc.) participent également à la perturbation du microbiote et à l’augmentation des maladies non transmissibles.
Source : Zhang F, Zhou G, Schewe M, Kulling SE, Ding Y, Mozaffarian D, Zuo T. Dietary urbanization destabilizes host-gut microbiome homeostasis and informs precision nutrition for human health. Cell Metab. 2025 Nov 4;37(11):2128-2148. doi: 10.1016/j.cmet.2025.09.013.